A forma correta de escrita é apenas de acordo com a Língua Portuguesa.

Ou seja, não existe separação de termos, no entanto, de referir que “a pena” existe.

Apenas é um advérbio e significa exclusivamente, só, somente; com dificuldade, a custo.

Apenas se obtiveram resultados concretos em sete países, foi muito pouco.
O presidente disse que apenas a comunidade internacional pode ajudar perante tal calamidade.

A expressão a penas não está gramaticalmente correto; deve ser dito “a pena“:

Não vale a pena arriscar.
Ainda vale a pena investir num carro a diesel?

Notar que a frase no plural não altera a expressão “a pena”: Há coisas que valem a pena ser ditas.