As duas formas – calafrio e calefrio – existem na Língua Portuguesa e têm o mesmo significado.

Ou seja, pode usar qualquer um dos termos.

Calafrio ou calefrio significa arrepio de frio; frio interior, acompanhado de tremor convulsivo; arrepio.

Calefrio e febre são sintomas de gripe.
Um conto negro e chocante, com doses grandiosas de terror e calafrio.

A maioria dos dicionários consultados parece dar “prioridade” a calafrio, eventualmente, por ser mais usado junto dos falantes mas calefrio é, segundo os puristas, a forma recomendada uma vez que mantêm a vogal “e” seguindo assim a origem do vocábulo – latim “calere” = estar quente.


Referências

Advém do calere + frigere em que “calare” = estar quente e frigēre = estar frio.