As duas formas – conferência e conferencia – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Conferência, com acento circunflexo na vogal “e”, é um substantivo – significa o fato de conferir; reunião de pessoas para discutir um interesse comum; palestra sobre tema cultural, científico etc.

Amanhã ele dá uma conferência na Universidade.
O tema da conferência foi Oração.

Conferencia, não acentuado, é relativo ao verbo conferenciar – é a terceira pessoa do singular do presente do indicativo e a segunda pessoa do imperativo do verbo.

ele; ela; você [ conferencia ], [ conferencia ] tu

Ele conferencia com os seus camaradas de armas.


Referências

Conferência advém do latim conferentia.
Conferencia advém do verbo conferenciar.