As duas formas – conjuntura e conjectura – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Conjuntura significa a combinação ou concorrência de acontecimentos ou circunstâncias num dado momento; circunstância, situação.

A conjuntura económica não está a melhorar de forma significativa.
Vamos assistir à formação de uma nova conjuntura artística, marcada por uma nova geração de artistas.

E dizemos conjuntura atual! É um erro frequente escrever “conjectura actual”.

Conjectura significa suposição; hipótese; presunção; juízo formado sobre aparências, indícios ou probabilidades.

É real e válido, não é uma conjectura!
Essa suposição foi rejeitada por se tratar de mera conjectura, uma vez que não foram apresentadas provas susceptíveis de a corroborar.

Obs:
_ notar que em Portugal se escreve “conjetura”, sem a consoante “c” por esta não ser pronunciada (AO 1990); no Brasil ambas as formas são aceites mas habitualmente é escrito com a consoante “c”
_ em Matemática o termo conjectura é bastante utilizado para definir questões ou teoremas não demonstrados – conjectura de Goldbach, conjectura de Poincaré, etc.


Referências

São palavras parónimas: semelhantes tanto na escrita e na pronúncia mas com significado diferente.

Conjuntura advém do francês conjoncture.
Conjetura advém do latim conjectura.