As duas formas desagregar e desgregar estão corretas e têm o mesmo significado.
Ou seja, use a forma que desejar sabendo que a palavra “desgregar” é menos utilizada.
Desagregar (ou desgregar) significa desligar (o que estava agregado); desunir, separar, dissociar; decompor um corpo nas suas partes constituintes.
Dizem que devemos desagregar a União Europeia.
Temos de dividir e desagregar.
A imagem parece a ponto de desgregar-se.
A palavra desgregar é referida em alguns dicionários como variação de “desagregar” por ser uma forma menos utilizada, contudo é perfeitamente válido usar esta forma.
Referências
Desagregar advém da construção des + agregar.