As duas formas desparafusar e desaparafusar estão corretas e têm o mesmo significado.

Ou seja, use a forma que desejar.

Desparafusar (ou desaparafusar) significa desandar os parafusos de; tirar os parafusos de (qualquer peça ou máquina); ter os parafusos afrouxados.

Podemos desaparafusar a grade e tirá-la.
Se quiser desaparafusar estes parafusos, deveria usar uma chave de fenda.

Eu me machuquei tentando desparafusar a roda.

Obs:
A maioria dos dicionários dá preferência à forma desaparafusar mas ambos os vocábulos são válidos na Língua Portuguesa (VOP e VOLP).


Referências

Desparafusar advém da construção des + parafusar.
Desaparafusar advém da construção des + aparafusar.