As duas formas – desterro e desaterro – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Desterro significa o ato ou efeito de desterrar; pena de expulsão da terra; expulsão da pátria ou da terra onde reside; expatriação; local onde se cumpre a pena de desterro.

Enviaram milhares de militantes gregos para o desterro.
Foi condenado ao desterro em França durante seis anos.

Judicialmente é a pena que condena alguém ao degredo.

Desaterro significa a operação de desaterrar; escavação; terraplenagem; as terras removidas.

O lote tem desaterro feito.
A derrocada ocorreu na sequência dos trabalhos de desaterro numa obra junto ao local.

Obs:
verbo desaterrar = escavar; desfazer um aterro; aplanar; nivelar; terraplenar


Referências

Desterro advém de desterrar.
Desaterro advém de desaterrar.