As duas formas encubar e incubar estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Encubar significa meter em cuba; envasilhar; fig. guardar ou armazenar.
A uva é selecionada antes de encubar o vinho nos tanques.
Incubar significa chocar ovos; trazer a si os germes de uma doença que ainda se não manifestou claramente.
O vírus levou três horas a incubar.
As primeiras tentativas para incubar ovos de salmão datam de 1838.
Referências
Encubar advém da constução en + cuba + ar.
Incubar advém do latim incubare.