Ambas estas formas – entoação, entonação e intonação – existem na Língua Portuguesa e têm o mesmo significado.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e significam basicamente o mesmo; são palavras sinônimas na maioria dos contextos.

Entoação significa o ato de entoar; modulação na voz para exprimir bem as palavras; solfejo de principiante; modulação na voz, ao se falar ou cantar.

A pronúncia, a acentuação e a entoação são fortemente influenciados pela primeira língua.
Cães distinguem palavras e entoação, diz estudo.

Entonação tem o mesmo significado; apenas é um vocábulo menos utilizado.

Leia poemas, concentrando-se na contração e entonação das palavras.

Intonação é a palavra menos utilizada mas válida, não consta em todos os dicionários mas pode ser usada da mesma forma.

Estude os sons, ritmos e intonação do inglês falado na América do Norte.


Referências

Entoação advém da construção entoar + ção.
Entonação advém da construção entonar + ção.