As duas formas – Exmo. e Ex.mo podem ser usadas e tem o mesmo significado.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas, com o mesmo significado, mas é recomendado usar como é referido abaixo.
Exmo. ou Ex.mo é a abreviação de excelentíssimo; é o superlativo absoluto sintético de excelente. Tratamento usado para altas autoridades.
Exmo. Presidente, devo comunicar que […]
Caso a abreviatura for escrita no alinhamento devemos usar Exmo.; caso seja usada em sobrescrito então devemos usar Ex.mo.
Ex.mo Presidente, devo comunicar que […]
Não existe propriamente uma “regra” que implique o uso de uma ou outra forma; ambas são válidas e dependerá, eventualmente, da forma que está habituado ou do contexto próprio de algum setor de atividade.