As duas formas – flagrante e fragrante – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, serem usadas em diferentes situações.
Flagrante significa praticado no próprio momento em que se é surpreendido; evidente.
A prisão preventiva foi aplicada ao suspeito detido em flagrante delito.
O pagamento imposto é uma flagrante e massiva infração das regras previstas no tratado europeu.
Fragrante significa que libera cheiro (normalmente agradável); que tem bom odor; cheiroso.
Cereja de polpa firme e muito fragrante.
Relaxe num banho de espuma fragrante no final do dia.
Referências
Flagrante advém do latim flagrans.
Fragrante advém do latim fragrans.