As duas formas há duas semanas e a duas semanas estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as construções são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Há duas semanas expressa tempo decorrido ou passível de decorrer (2 semanas, neste caso). É similar a dizer “faz duas semanas ou existe duas semanas” conforme o contexto – quando assim acontece a construção é sempre feita com o verbo haver (há, neste caso).
Não aparece para trabalhar há duas semanas.
Comecei a acreditar em milagres há duas semanas.
Há duas semanas que não dão sinal de vida.
E construção a duas semanas é válida em alguns contextos; estamos perante uma situação que não corresponde a tempo decorrido (ou passado). Aponta, habitualmente, para um “tempo futuro (2 semanas)” ou para uma “unidade de tempo de duas semanas”.
Estávamos a duas semanas do casamento.
O Sergei está a duas semanas de fazer 14 anos.
A sessão continua de hoje a duas semanas.