As duas formas – incisão e excisão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Incisão significa um corte; o golpe; feito com instrumento cirúrgico ou outro objeto cortante.

Vire o bisturi 90° e ponha-o no ângulo correto em relação à incisão.
A anelagem (ou “incisão anelar”) dum tronco de árvore é um método tradicional comum.

Excisão significa o procedimento realizado para remover completamente uma lesão; operação por meio da qual se extrai, com objeto cortante, uma parte de órgão ou tumor; extração; remoção; amputação.

A excisão cirúrgica de verrugas tem uma elevada taxa de sucesso.
Hospital realizou nova técnica de excisão mamária.


Referências

Incisão advém do latim incisio.
Excisão advém do latim excisio.

A incisão cirúrgica é geralmente realizada por um médico cirurgião, seu objetivo é permitir o acesso a área a ser operada. Usam-se lâminas 1, 2, 3, 4, e assim em diante, dependendo da região a ser operada. É também conhecida como Cesura, ultrapassa, sem danificar os tecidos, a derme, epiderme, e hipoderme da pele.