A forma correta de escrita é incógnita de acordo com a Língua Portuguesa.
Ou seja, é escrito com acento agudo na vogal “o”.
Incógnita significa grandeza a ser determinada na solução de uma equação, de um problema habitualmente representado por « x » ou y e z.
Essa é a variável incógnita da equação.
Esta equação tem duas incógnitas representadas por x e y.
Por extensão diz-se daquilo que se desconhece e se busca saber; que se ignora; enigma, mistério.
O futuro das crianças de hoje é uma verdadeira incógnita.
Estou de férias e viajando incógnita.
Incognita não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.
Referências
Incógnita é o feminino substantivado de incógnito.