As duas formas porque é e por que é estão corretas, contudo seus sentidos são diferentes.
Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Porque é = porque (junto e sem acento gráfico) + é (terceira pessoa do singular do presente do indicativo do verbo ser) é usado em respostas e em explicações; causa ou a razão de algo.
Escolheu este lugar porque é seguro.
Não podes fazer isso porque é má-educação.
Não faço comentários porque é ridículo.
Por que é = por que (separado e sem acento gráfico) + é (terceira pessoa do singular do presente do indicativo do verbo ser) é usado para introduzir uma pergunta (sentido interrogativo) ou para estabelecer uma relação (sentido de relação) com um termo/oração anterior.
Então por que é que a situação mudou?
Mas, por que é que ele não me contou?
Não sei por que é má ideia.
Agora sabemos por que é solteira.
Não precisamos jantar fora só por que é meu aniversário.