As duas formas – réptil e reptil – existem na Língua Portuguesa e têm o mesmo significado.

Ou seja, use a forma que desejar; são palavras que admitem dupla prosódia.

Réptil (ou reptil) significa animal de sangue frio, (espécime) pertencente à classe Reptilia.

Cuidado, este réptil é muito venenoso.
A ilha é dominada por um réptil gigante.

Como adjetivo significa que se arrasta ou aparenta arrastar-se.

Parecia um animal réptil.

A dupla prosódia é o facto de certas palavras admitirem dupla grafia, dupla pronúncia (dupla prosódia), mantendo o mesmo significado.

Outros exemplos:
acróbata / acrobata
projétil / projetil