As duas formas – secretaria e secretária – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Secretaria, não acentuado, e como substantivo, significa seção que centraliza o expediente administrativo; local de uma organização que cuida da burocracia; local de trabalho da secretária; repartição, secretariado.

Horário da Secretaria: 8h30 – 13h00; 16h00 – 17h30
O formulário deverá ser preenchido e posteriormente entregue na secretaria.

Obs: notar que secretaria é também uma forma verbal dos verbos secretar e secretariar

Secretária, com acento agudo na primeira vogal “a”, significa mulher que exerce as funções de secretário ou mesa própria para se escrever sobre ela.

Ela foi a primeira mulher a ocupar o cargo de secretária de estado.
Esta secretária foi construída com base em 2 cavaletes e placas de madeira prensada.


Referências

Secretaria advém da construção secretário + ia.
Secretária é o feminino de secretário.