As duas formas – codinome e cognome – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações apesar de poderem ter sentidos similares quando nos referimos a “alcunha” (de forma geral) mas estão longe se serem sinônimos.

Codinome é o mesmo que “nome de código” (forma mais usada em Portugal), ou seja, significa uma designação especial, com o intuito de mascarar, que se dá a algo ou alguém. É um nome falso para ocultar identidade, muitas vezes por questões de segurança.

Usarei o codinome dynawolf para resguardar a minha privacidade.
O carro novo protótipo, com o codinome PX1, foi feito com um corpo monobloco.

Cognome significa o nome de família após o prenome; denominação (por vezes depreciativa) que se dá como substituição de sua designação comum, de seu nome próprio; alcunha.

Sua caridade, sua piedade, seu zelo mereceram-lhe o cognome de “amado”.
A sua cor característica é a razão pela atribuição do cognome Tabaco.
O jogador já tem cognome: o enganador! :: sentido depreciativo

Na Roma Antiga, era o terceiro nome pelo qual um cidadão romano era conhecido.


Referências

Codinome advém do inglês code name.
Cognome advém do latim cognomen.