As duas formas comeste e comestes existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo comer mas empregues em diferentes pessoas.
Comeste é a segunda pessoa do singular do pretérito perfeito do modo indicativo do verbo.
tu [ comeste ]
Vi que não comeste nada na receção.
 Explica-me como é que nunca comeste um ovo em toda a vida.
 O que comeste hoje? – Batatas.
Comestes é a segunda pessoa do plural do pretérito perfeito do modo indicativo do verbo.
vós [ comestes ]
Meus filhos, comestes bem?
 Vós comestes da árvore da qual ordenei que não comêsseis?
Tabela pretérito perfeito do indicativo do verbo comer.
pretérito perfeito do indicativo
| eu | comi | 
| tu | comeste | 
| ele; ela; você | comeu | 
| nós | comemos | 
| vós | comestes | 
| eles; elas; vocês | comeram | 
Obs:
 pretérito perfeito = referente ao passado
