As duas formas – comeste e comes-te – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo comer mas empregues em diferentes modos.
Comeste é a segunda pessoa do singular do pretérito perfeito do modo indicativo do verbo.
tu [ comeste ]
Tenho a certeza que mal dormiste ou comeste.
Conta o que comeste no teu aniversário.
Já comeste?
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
A forma comes-te é uma conjugação pronominal (acompanhado do pronome oblíquo “te”) do verbo – neste caso, no presente do indicativo. O pronome é usado para indicar ações relativas ao sujeito que as pratica ( tu ).
É uma flexão raramente usada (senão nunca); um possível exemplo seria:
Comes-te a ti mesmo.
Mais comum é a forma come-se (referente a ele, ela, você):
Com a idade come-se cada vez menos carne.
Aqui, come-se o que há.