As duas formas – em baixo e embaixo – existem na Língua Portuguesa, ambas as expressões estão corretas, mas existem particularidades a referir.
Embaixo é um advérbio de lugar de uso comum no português do Brasil que se relaciona a algo situado em um ponto ou plano inferior ( na parte inferior ).
A caneta está embaixo da mesa.
Não passo embaixo disso.
Eles estão lá embaixo.
A palavra embaixo no sentido de “estado” significa algo em más condições, possivelmente avariado ou alguém sem ânimo.
Ele está embaixo.
Aquele site está embaixo.
Em baixo é uma locução de uso comum no português Europeu com o mesmo significado mas nem sempre em todas as situações.
A caneta está debaixo da mesa. ( uso de debaixo – válido também no Brasil )
Não passo por baixo disso. ( uso de por baixo – sentido de movimento )
Ele está em baixo. ( uso em baixo )
Aquele site está em baixo. ( uso em baixo )
Ou seja, em Portugal ( ou melhor, no português Europeu ) não é usado “embaixo”.
Obs: Especialistas falam de “incongruência” de certas palavras na gramática Portuguesa, e esta é uma delas. Até porque o termo “emcima” não existe, é “em cima”.