As duas formas em comum e incomum estão corretas, contudo seus significados são diferentes.
Ou seja, ambas as expressões/palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Em comum é uma locução adjetiva – significa com semelhanças; semelhante; coincidente; similar; parecido.
Chama-se Charisse, temos muito em comum.
O que as empresas de sucesso têm em comum?
Tem também o sentido de maneira conjunta ou coletiva.
Decidiram exercer em comum uma parte da soberania.
Incomum é um adjectivo – significa não comum, fora do comum; invulgar; extravagante; raro.
É muito incomum o Michael faltar ao trabalho.
O príncipe tem uma risada incomum.
Referências
Incomum advém do latim incommune.