As duas formas há duas horas e às duas horas estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as construções são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Há duas horas expressa tempo decorrido (duas horas). É similar a dizer “faz duas horas” – quando assim acontece a construção é sempre feita com o verbo haver (há, neste caso).

A informação foi atualizada há duas horas.
Casados há duas horas e já a reclamar.
Estou há duas horas pensando sobre isso..

A construção às duas horas é válida no sentido de indicar uma hora específica (hora de relógio).

Eles combinaram de se encontrar no parque às duas horas.
O museu fecha às duas horas.