As duas formas – habitaram e habitarão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo habitar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Habitaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ habitaram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Desde os tempos antigos, eles habitaram nestes vales.
Na antiguidade os curônios, uma tribo báltica, habitaram a Curlândia.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Habitarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ habitarão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Segundo este estudo, 11 bilhões de pessoas habitarão a Terra em 2030.
Chegará o dia em que somente os justos habitarão a Terra.