As duas formas – agendaram e agendarão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo agendar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Agendaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ agendaram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Ontem, eles agendaram a cirurgia.
Ligaram e agendaram hora connosco.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Agendarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ agendarão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Amanhã, eles agendarão um transporte para buscá-lo.
Elas não agendarão a viagem sem você.