A forma correta de escrita é incerteza de acordo com a Língua Portuguesa.

Ou seja, é escrito com a vogal “i” formando a sílaba inicial in-, que coincide com o prefixo parte da “construção” da palavra.

Incerteza significa estado ou caráter do que é incerto; falta de certeza; dúvida, hesitação, indecisão, imprecisão.

Existe uma grande incerteza sobre o resultado final.
Incerteza será talvez o atributo que melhor descreve os tempos que hoje vivemos.

Sinónimos de incerteza: dúvida, hesitação, indecisão, ambiguidade, confusão, imprecisão, insegurança, mistério, perplexidade.

Encerteza não está correto na Língua Portuguesa.


Referências

Advém da construção in + certeza.
O prefixo in- induz um sentido de negação, falta, inclusão ou movimento de fora para dentro.