A forma correta de escrita é incomodar de acordo com a Língua Portuguesa.
Ou seja, é escrito com a vogal “i” formando a sílaba in-.
Incomodar significa causar incómodo a; importunar; molestar; dar-se ao trabalho; afligir-se.
Ela não quis incomodar ninguém.
Desculpe-me por incomodar… mas estou preocupada.
Palavras da mesma família também são escritas com a vogal “i”: incómodo, incomodador, incomodamente, incomodação.
Sinónimos de incomodar: importunar, molestar, irritar, aborrecer, arreliar, inquietar, afetar, maçar, cansar, afligir-se.
Encomodar não existe na Língua Portuguesa.
Referências
Advém do latim incommodare.