A forma correta de escrita é incomodo de acordo com a Língua Portuguesa.

Ou seja, é escrito com a vogal “i” formando a sílaba in-.

Incomodo é uma forma verbal do verbo incomodar, nomeadamente a primeira pessoa do singular do presente do indicativo do verbo.

eu [ incomodo ]

Incomodo alguém se aumentar o volume do som?
É bom saber que eu incomodo, vou embora!

Notar que incómodo / incômodo, grafados na vogal “o”, significam sem comodidade; que incomoda; enfadonho.

A acne é um incómodo.
Peço desculpa pelo incómodo causado.

Os termos encomodo ou em comodo não exsitem na Língua Portuguesa.


Referências

Advém do verbo incomodar.