As duas formas – indefeso e indefesso – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Indefeso significa que não está defendido; sem defesa; desarmado.

Ousas levantar a mão a um ser indefeso!
A selva é um lugar perigoso, repleto de predadores, sobretudo quando se é pequeno e indefeso.

Indefesso significa que não se cansa; não cansado; incansável; laborioso.

A sua vida de estudo e de trabalho indefesso é um exemplo para todos.


Referências

Indefeso advém do latim indefensus.
Indefesso advém do latim indefessu.