As duas formas – instância e estância – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Instância significa ato de instar; solicitação; empenho; insistência; pedido insistente; foro; jurisdição; pressa que se exige na realização de um ato.

Pediu com instância ao general que lhe enviasse alguns socorros.
O risco do fracasso recai, em última instância, no investidor.
Esse pedido foi remetido pelo tribunal de primeira instância.

Expressões:
em última instância :: como derradeiro recurso
primeira instância :: juízo inicial de uma causa
última instância :: que já não há mais recurso possível

Estância significa lugar onde se permanece por algum tempo; residência; aposento; paragem; estação; local para repouso.

É a mais conhecida estância balnear do país.
Cerro Catedral é a mais importante estância de esqui de Bariloche.


Referências

São palavras parónimas: semelhantes tanto na escrita e na pronúncia mas com significado diferente.

Instância advém do latim instantia.
Estância advém do italiano stanza.