As duas formas – missanga e miçanga – existem na Língua Portuguesa e têm o mesmo significado.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas com exatamente o mesmo significado, a única diferença refere-se ao País onde é usado.

Missanga significa contas miúdas e variadas feitas de vidro; ornato feito dessas contas; bagatelas; bugigangas e é a forma preferencial e a única para o Português Europeu.

Traje de lavradeira com saia bordada a missanga.
Usei missangas de engomar, que dão para fazer inúmeros desenhos e ficam muito giros.

Miçanga apenas surge registada em dicionários ou vocabulários brasileiros.

O uso de miçangas se originou na África do Sul e países adjacentes.
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Obs: costuma-se designar por divergência ortográfica


Referências

Missanga advém do tetense maussanga.