A forma correta de escrita é minimercado de acordo com a Gramática Portuguesa.
Minimercado é uma pequena loja tradicional que vende produtos de grande consumo, sobretudo alimentos, podendo complementar a oferta com produtos de higiene, bebidas e objetos de uso doméstico.
Mini-mercado não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.
O uso do prefixo mini só leva hifen quando a palavra seguinte se iniciar por i ou h.
Exemplos: mini-hambúrguer, mini-homenagem, mini-hotel, mini-invasão.
Obs:
a) Como palavras sinónimas pode usar um destes termos: mercearia, venda.
b) Mini é um prefixo que denota algo pequeno ou menor que o tamanho normal.