As duas formas – protegeram e protegerão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo proteger, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Protegeram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ protegeram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Os meus pais sempre me protegeram durante a infância.
Nos últimos três anos, os EUA protegeram mais de 880.000 km2 de oceano como monumentos nacionais.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Protegerão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ protegerão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Coloque óculos de sol, que o protegerão do vento e da luz intensa.
Tu e os teus homens protegerão a família até conseguir reunir o meu grupo.