As duas formas – quisto e cisto – existem na Língua Portuguesa e tem o mesmo significado.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e tem exatamente o mesmo significado; são sinônimos perfeitos.

Quisto ou cisto significa saco fechado que tem uma membrana e divisão distintas do tecido circundante onde se acumula líquido, podendo ocorrer em qualquer parte do corpo.

Esse tipo de cisto costuma localizar-se na face, nuca ou tronco.
Os quistos dentígero é um dos quistos odontogénicos mais frequentes nos maxilares.

Não existe nenhuma recomendação de utilização, ambos termos são dicionarizados e perfeitamente válidos – use como estiver habituado tendo apenas cuidado na pronúncia:

quisto :: /kístu/
cisto :: /sístu/


Referências

Advém do grego kystys.