As duas formas – restruturação e reestruturação – existem na Língua Portuguesa e têm o mesmo significado.

Ou seja, utilize a forma que desejar.

Restruturação (ou reestruturação) é o ato ou efeito de dar nova estrutura a; reorganização; modificação dos elementos que compõem uma equipe; reforço das partes estruturais de um edifício.

A reconversão e reestruturação da vinha vai ser objeto de um novo concurso.
A empresa está no meio de um processo de reestruturação.

Em termos de uso a palavra “reestruturação” (com dois “e”) é mais utilizada.

Da mesma forma reestruturar e restruturar são duas formas possíveis para o mesmo = dar nova estrutura a; reformar; estruturar de novo.


Referências

Restruturação advém da construção restruturar + ção.
Reestruturação advém da construção reestruturar + ção.