As duas formas – separaram e separarão – existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo separar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.
Separaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ separaram ]
« relativo a uma situação passada ou concluída »
Porque é que nos separaram?
Eles nos separaram e me levaram para um castelo esquisito.
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado
Separarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ separarão ]
« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »
Vocês dois nunca se separarão.
Um dia… as duas espirais de evolução se separarão novamente.