As duas formas – subvenção e subversão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Subvenção significa subsídio; contribuição; patrocínio; financiamento; ajuda financeira paga pelo governo a pessoas, instituições etc.

Se ficar sem dinheiro, tente obter uma subvenção.
O orçamento incluirá a subvenção concedida pelas Comunidades.

Subversão significa ato ou efeito de subverter(-se); revolta contra uma autoridade; contra normas ou coisas estabelecidas; revolta; insubordinação; perversão; corrupção.

As ordens que temos são bem claras: acabar de vez com a subversão.
O tribunal condenou o activista por incitamento à subversão contra o Estado.


Referências

São palavras parónimas: semelhantes tanto na escrita e na pronúncia mas com significado diferente.

Subvenção advém do latim subventio.
Subversão advém do latim subversio.