As duas formas – amém e amén podem ser usadas mas nem todos os dicionários são unânimes nesta questão.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e tem o mesmo significado havendo no entanto algumas particularidades a assinalar.

Amém é a forma mais comum e significa, como interjeição, assim seja; assim é; certamente. Como substantivo significa concordância incondicional; aprovação, consentimento, anuência.

Em teu nome oramos, amém.
O chefe deu o amém à proposta.

Ámen tem, como referido, o mesmo significado mas certos dicionários Brasileiros parecem remeter a palavra para amém; tomando-a assim “mais” válida.

São ainda referidos os vocábulos amen e âmen em alguns dicionários como “corretos” ( em particular “âmen” :: associado ao Brasil ) mas são variantes menos usadas.

Não existe uma resposta consensual pelo que, de certa forma, podemos dizer que as variantes apresentadas são “válidas”.

Na dúvida, sugerimos usar amém por reunir maior consenso; seguida por “amén”.


Referências

Advém do hebraico אָמֵן “assim seja”, pelo latim amen.