As duas formas – comesse e comece – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Comesse é uma forma verbal do verbo comer, nomeadamente a primeira e terceira pessoa do singular do imperfeito do subjuntivo do verbo.

se eu [ comesse ], se ele; ela; você [ comesse ]

A minha mãe costuma dizer que tinha de me enganar para que eu comesse a sopa.
Se cada pessoa comesse as doses adequadas de fruta e legumes todos os dias evitaria bastantes doenças.

Comece é uma forma verbal do verbo começar, nomeadamente a primeira e terceira pessoa do singular do presente do subjuntivo e a terceira pessoa do singular do imperativo do verbo do verbo.

que eu [ comece ], que ele; ela; você [ comece ], [ comece ] ele; ela; você

Que comece o jogo!
É possível parar a guerra antes que ela comece.
Trata disso e talvez ele comece a dizer coisa com coisa?


Referências

Comesse advém do verbo comer.
Comece advém do verbo começar.