A forma correta de escrita é contraindicado de acordo com a Gramática Portuguesa e segundo o Acordo Ortográfico.
Ou seja, é escrito sem hífen.
Contraindicado significa ser contrário aos sintomas ou causas da doença.
Este medicamento é contraindicado em casos de doenças crónicas.
Contra-indicado não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.
A regra base é usar hífen quando o segundo elemento possui vida própria e começa por vogal, h, r ou s.