A forma correta de escrita é contraindicado de acordo com a Gramática Portuguesa e segundo o Acordo Ortográfico.

Contraindicado significa ser contrário aos sintomas ou causas da doença.

Contra-indicado não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.

A regra base é usar hífen quando o segundo elemento possui vida própria e começa por vogal, h, r ou s.