As duas formas – desafiaram e desafiarão – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo desafiar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.

Desafiaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ desafiaram ]

« relativo a uma situação passada ou concluída »

Todos que os desafiaram foram destruídos.
Eles desafiaram os quatro ninjas para lutar.

Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado

Desafiarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.

eles; elas; vocês [ desafiarão ]

« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »

Doenças desconhecidas desafiarão a ciência.
Se permitirem que um deles… nos desafie, todos eles nos desafiarão.