As duas formas – efeminado e afeminado – existem na Língua Portuguesa e tem o mesmo significado.
Ou seja, use a forma que está mais habituado.
Efeminado diz-se do homem com características ou modos de mulher; que se efeminou.
Afeminado significa exatamente o mesmo.
Ambos os termos são adjetivos ou formas verbais no particípio passado dos verbos efeminar e afeminar respetivamente.
Referências
Como substantivo alguns dicionários não referem afeminar como tal. No entanto, ambos os termos podem funcionar como substantivos.