As duas formas embaixadora e embaixatriz estão corretas e são, ambas, formas aceites para o feminino de embaixador. Contudo, e na prática, são palavras utilizadas com diferentes sentidos.
Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.
Embaixadora significa mulher que desempenha as mesmas funções de um embaixador.
Liguei à nossa embaixadora na Colômbia.
Estou a falar com a embaixadora russa nos Estados Unidos.
Embaixatriz significa esposa de um embaixador.
Em 1492, ela visitou Veneza como embaixatriz de seu marido.