As duas formas excedesse e excede-se existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo exceder mas empregues em diferentes pessoas gramaticais/tempos verbais.

Excedesse é a primeira e terceira pessoa do singular do pretérito imperfeito do modo subjuntivo do verbo.

se eu [ excedesse ], se ele; ela; você [ excedesse ]

Permiti que ele excedesse o seu tempo de intervenção.
Não gostaria de fazer nada que excedesse o âmbito das minhas funções.
Houve apenas um objetivo: evitar que o orçamento geral excedesse os 2%.

Obs:
subjuntivo (português brasileiro) ou conjuntivo (português europeu) = modo verbal que não expressa certeza, e sim uma dúvida, desejo ou situações hipotéticas

A forma excede-se, com hífen, é uma conjugação pronominal (acompanhado do pronome oblíquo “se”) do verbo – neste caso, no presente do indicativo. O pronome é usado para indicar ações relativas ao sujeito que as pratica, no caso ele, ela ou você.

Ela excede-se e faz acusações contra mim.
Ana excede-se porque ela ainda não se sente como parte da equipa.
Elvis excede-se nesta cena, com um discurso extremamente emocional.