As duas formas fujam e fujão estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações; notar que somente a palavra fujam é uma flexão do verbo fugir.

Fujam é a terceira pessoa do plural do presente do subjuntivo e a terceira pessoa do plural do imperativo do verbo fugir.

que eles; elas; vocês [ fujam ], [ fujam ] eles; elas; vocês

Não deixes que eles fujam!
Quando eu der sinal, fujam.
Não fujam ou serão detidos à força.

Fujão é o aumentativo singular de fujo – significa que ou quem que tem tendência para fugir; indivíduo fugidiço.

Cuidado… ele é um fujão.
O imperador lançou uma caçada ao prisioneiro fujão.

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