A forma correta de escrita é hoje em dia de acordo com a Língua Portuguesa.
Ou seja, é escrito sem hífen.
Hoje em dia é uma locução adverbial – significa na atualidade; modernamente, atualmente.
Pode conseguir quase tudo online hoje em dia.
Hoje em dia, os criminosos têm as melhores armas.
Isto é, hoje em dia tem que ver com o tempo presente, a época em que vivemos, etc.
Hoje-em-dia não está gramaticalmente correto na Língua Portuguesa.