As duas formas implantação e implementação estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Implantação significa o ato de implantar; implante; junção natural ou artificial de duas partes diferentes ou heterogéneas; inserção de medicamento sólido sob a epiderme.

A implantação da República Portuguesa foi o resultado de uma revolução.
A terapia celular se refere à implantação do tecido por injeção.

Implementação significa ação ou efeito de implementar; ato de executar, de pôr em prática; aplicação de medidas necessárias para levar algo a efeito.

A implementação dessas políticas não é tarefa fácil.
O governo anunciou recentemente a implementação de um desses programas.


Referências

Implantação advém da construção implantar + ção.
Implementação advém da construção implementar + ção.