As duas formas predição e perdição estão corretas, contudo seus significados são diferentes.

Ou seja, ambas as palavras são válidas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Predição, escrito com a sílaba pre-, significa o ato ou efeito de predizer; vaticínio, profecia; prognóstico.

A sua predição agitou pouco o interesse entre os astrónomos.
Não muito tempo depois esta predição foi literalmente cumprida.

Perdição, escrito com a sílaba per-, significa o ato de perder; ruína, fracasso, desgraça.

As invenções modernas nunca salvarão o homem da perdição.
Ele salvará a humanidade da perdição.

Diz-se também no sentido de algo que é irresistível.

O chocolate é uma perdição.


Referências

Predição advém do latim praedictio.
Perdição advém do latim perditio.

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