As duas formas – incômodo e incomodo – existem na Língua Portuguesa.

Ou seja, ambas as expressões estão corretas, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes situações.

Incômodo ou incómodo, grafado, é um adjetivo que significa que não tem comodidade; que incomoda; ou um substantivo que significa aquilo que importuna, transtorno, perturbação.

É bastante incômodo, incontrolável e até irritante.
Peço desculpa pelo incômodo causado.

Obs:
Incômodo é a grafia usada no Brasil; nos restantes países da CPLP escreve-se incómodo.

Incomodo é uma forma verbal do verbo incomodar, nomeadamente a primeira pessoa do singular do presente do indicativo do verbo

eu [ incomodo ]

Incomodo se entrar?
Não sei de quem se trata, mas sei que é alguém a quem eu incomodo bastante.


Referências

Incômodo advém do latim incommodus.
Incomodo advém do verbo incomodar.