As duas formas modificaram e modificarão existem na Língua Portuguesa.
Ou seja, ambas as expressões estão corretas e são formas verbais do verbo modificar, devendo, no entanto, ser usadas em diferentes tempos gramaticais.
Modificaram é a terceira pessoa do plural do pretérito perfeito do indicativo e a terceira pessoa do plural do pretérito mais-que-perfeito do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ modificaram ]
« relativo a uma situação passada ou concluída »
Os genes alterados modificaram o vírus.
Admitiu que modificaram toda a cena do crime para parecer legítima defesa.
Obs:
pretérito perfeito = referente ao passado
pretérito mais-que-perfeito = referente ao passado do passado
Modificarão é a terceira pessoa do plural do futuro do indicativo do verbo.
eles; elas; vocês [ modificarão ]
« relativo a uma situação/possibilidade futura ou uma incerteza »
As condições naturais se modificarão com as alterações climáticas.
As sanções aplicadas provavelmente modificarão essa situação.